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通过代谢组学方法来研究肠道菌群和宿主之间关联的复杂代谢体系，作为一种相对全面、连续动态并无刺激的分析手段，它可客观地检测肠道微生物的代谢组分及浓度变化，展示肠道菌的代谢状态。

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主要应用:1、生物大分子的分子量精确测定2、蛋白质的肽质量指纹图谱检测3、已知蛋白质的高通量检测鉴定4、未知蛋白的部分或全序列分析5、蛋白质/多肽的二硫键定位分析

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用 Nano-LC-ESI-MS/MS蛋白鉴定技术和Label-Free定量技术对蛋白凝胶样本（SDS-PAGE样本）、IP、co-IP、Pull-down等纯化溶液样本进行蛋白鉴定。

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蛋白质类生物制品需完成氨基酸组成分析，样品首先被酸水解成游离氨基酸，而后标记并进行反相UPLC分离，得出14种氨基酸的精确含量

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利用含轻、中或重型同位素标记的必须氨基酸培养基培养细胞来标记细胞内新和成的蛋白质，一般培养5-6代，细胞中的蛋白质将被同位素标记。

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随着代谢组学的发展，Clayton等于2006年提出了”药物代谢组学” (pharmaco metabonomics)的概念

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